Der GLK kommt neben neuen Ausstattungsdetails nun auch mit einer besonderen Auszeichnung: Als erstes Modell der Mercedes-Benz SUV-Modellfamilie erhielt der GLK das Umweltzertifikat nach der ISO-Norm 14062 vom TÜV. Das Umweltzertifikat basiert auf einer vollständigen Öko-Bilanz des GLK, die rund 40.000 Einzelprozesse umfasst, darunter die Auswirkungen eines Fahrzeugs auf die Umwelt - von der Entwicklung über den Produktionsprozess und die Nutzung bis zur Entsorgung nicht nur während der reinen Nutzungsphase.

Das Zertifikat nach der ISO-Norm 14062 gilt für alle GLK-Modelle. Am Beispiel des Mercedes-Benz GLK 220 CDI BlueEfficiency wurden unter anderem der Energiebedarf und die Emissionen über 200.000 Kilometer errechnet. Dabei begnügt sich der GLK mit 6,7 Liter Dieselkraftstoff je hundert Kilometer (176 g CO2/km) und unterbietet die ab September 2009 gültigen EU 5-Emissionsgrenzwerte.

Die BlueEfficiency-Strategie optimiert unter anderem Aerodynamik, Rollwiderstand, Fahrzeug-gewicht und Energiemanagement. Außerdem sind alle GLK-Modelle auch für zukünftige Kraftstoffe mit steigendem Bio-Ethanol-Anteil geeignet. Des Weiteren erfüllt der GLK bereits heute die ab 01.01.2015 vorgeschriebene Verwertungsquote von 95 Gewichtsprozent. Schon bei der Entwicklung wurde auf Sortenreinheit und Demontagefreundlichkeit bestimmter Thermoplast-Bauteile wie Stoßfänger, Radlauf-,
Längsträger-, Unterboden- und Motorraumverkleidungen geachtet. Beim GLK bestehen 30 Bauteile mit einem Gesamtgewicht von 41,0 Kilogramm anteilig aus hochwertigen rezyklierten Kunststoffen. Dazu gehören unter anderem Radlaufverkleidungen, Kabelkanäle
oder Unterbodenverkleidungen.

Für den GLK stehen zusätzlich neue Ausstattungsdetails zur Auswahl. Dazu gehören Komfortfeatures wie Keyless Go oder - in Verbindung mit dem Multimedia-System Comand APS - eine Rückfahrkamera mit statischen Hilfslinien, die das Rangieren vereinfachen. Im Innenraum kann sich der GLK-Kunde für eine besonders robuste, aber gleichzeitig atmungsaktive Ledernachbildung Artico entscheiden. Außerdem steht die luxuriöse designo-Linie mit zweifarbigen Lederausstattungen in Schwarz/Hellbraun und
Schwarz/Corteccia zur Auswahl.

Zum Frühjahr 2009 werden die GLK-Typbezeichnungen analog zu den anderen Mercedes-Benz Modelllinien geändert. Die beiden Versionen mit V6-Benzinmotor tragen die Typenbezeichnungen GLK 300 4Matic (bisher GLK 280 4Matic) und GLK 350 4Matic (unverändert) und erfüllen wie das Dieselmodell GLK 220 CDI 4Matic mit BlueEfficiency-Technik die ab September 2009 gültige EU 5-Norm. Die zweite Dieselversion GLK 350 CDI 4Matic (bisher GLK 320 CDI 4Matic) erfüllt die EU 4-Norm.